浮游菌采样器的原理是基于颗粒撞击原理和等速采样理论，通过内置的采样泵产生负压，吸引空气流入采样器，使空气中的微生物撞击并附着在培养皿内的琼脂表面上，从而进行有效捕获和后续培养分析。